主要区别在于处理的资源不同。再生资源公司主要从事回收、分类、处理和再利用可再生资源，如废纸、废塑料、废金属、废玻璃等；而废品回收公司则主要从事回收、分类、处理和利用各种废旧物品，如电子产品、家电等。